Drzewka bonsai hodowane są w płytkich donicach co powoduje, że roślina szybko zużywa naturalne nawozy zawarte w ziemi.
Powinniśmy się zaopatrzyć w nawóz przeznaczony dla konkretnego gatunku drzewka.
Glebę należy nawozić często, szczególnie wiosną, jednak znacznie rozcieńczonym preparatem.
Iglaki nawozimy do końca listopada natomiast rośliny liściaste do czasu kiedy zaczną żółknąć im liście.
Można stosować preparaty zarówno organiczne jak też mineralne.
Na rynku można spotkać nawozy organiczne i nieorganiczne, w postaci garnulków oraz w płynie. Część nawozów organicznych wydziela mocną woń i ich stosowanie może być uciążliwe dla Bonsai uprawianych we wnętrzach.
Przenawożenie grozi poważnym uszkodzeniem roślin, dlatego nigdy nie powinno się przekraczać dawek wskazanych przez producenta nawozu, a część hodowców radzi nawet, aby dla bezpieczeństwa zmniejszać ilość aplikowanego nawozu o 50%. W każdym razie należy uważnie obserwować drzewka czy nie pojawiają się jakieś niepokojące oznaki mogące wskazywać na przenawożenie.
Drzewka nawozimy intensywniej w okresie silnego wzrostu latem i znacznie mniej lub wcale w okresie spoczynku zimą. Dokładne dawki ustala się w zależności od gatunku rośliny i rodzaju nawozu.